O seio pilonidal é atualmente considerado uma condição adquirida com predisposição familiar, caracterizada por inflamação aguda ou crônica no tecido subcutâneo da região coccígea. Sua incidência está aumentando mundialmente. Os homens são mais de duas vezes mais propensos a serem afetados. O pico de incidência da puberdade até a quarta década de vida explica o alto impacto socioeconômico devido a limitações na educação e na vida profissional.
A compreensão atual é que fragmentos de cabelo cortados de cortes de cabelo na parte de trás da cabeça caem ao longo do sulco de suor posterior para a fenda interglútea, ficam eretos e, em seguida, penetram na pele. Uma fenda anal profunda e o movimento das nádegas facilitam a penetração dos fragmentos de cabelo cortados caídos com bordas afiadas na pele. A maioria dos pelos encontrados no ninho do seio pilonidal tem 5-10 mm de comprimento e são cortados em um ou dois lados. Pacientes com seio pilonidal têm pelos com hastes de cabelo significativamente mais rígidas. A penetração do cabelo depende da orientação das escamas. Desenvolve-se um granuloma de corpo estranho, que não cicatriza mais espontaneamente. Pode ser assintomático ou infectar-se e, assim, tornar-se clinicamente perceptível. Embora o trauma não cause um seio pilonidal, um trauma contuso pode fechar edematosamente um trato assintomático singular, levando a um evento inicial com retenção e dor ou secreção.
O crescimento pesado de pelos parece promover a doença do seio pilonidal, com a teoria de que pelos interglúteos pesados mantêm os pelos cortados caídos no lugar por mais tempo, permitindo maior empalamento devido à exposição prolongada. Portanto, uma boa higiene pessoal com banhos e chuveiros regulares parece estar associada a uma menor incidência da doença, pois garante a remoção regular de fragmentos de cabelo cortados afiados da fenda anal.