Por mais de cem anos, a etiologia e a patogênese do seio pilonidal foram consideradas embrionárias. Essa teoria, no entanto, agora foi abandonada. Até hoje, a patogênese ainda não foi completamente compreendida. Atualmente, presume-se uma etiologia multifatorial. De acordo com essa hipótese, o seio pilonidal se desenvolve como uma covinha na fenda anal (rima ani) diretamente acima do cóccix. O estresse mecânico, especialmente ao sentar (doença do motorista de jipe), pode resultar no alongamento dos folículos pilosos, que eventualmente se rompem. A maceração constante abre caminho para a infiltração de patógenos e especialmente de pelos quebrados, o que então leva a inflamação aguda ou crônica. A massa pastosa e macia penetra nas laterais, e em casos extremos até o ânus, via um sistema de fístula multi-sinusal.
Um ou mais dos seguintes são considerados fatores de risco na formação do seio pilonidal:
- Pelos excessivos
- Sulco glúteo profundo (obesidade)
- Irritação local
- Higiene pessoal deficiente
- Histórico familiar positivo