Por mais de cem anos, a etiopatogenia do seio pilonidal era considerada embrionária. Essa teoria agora foi abandonada. A patogênese ainda não é totalmente compreendida. Atualmente, assume-se que seja de origem multifatorial. O seio pilonidal é pensado para se formar como uma indentação semelhante a uma covinha na fenda natal diretamente acima do cóccix. Aqui, o estresse mecânico, especialmente ao sentar (doença do motorista de jipe), causa alongamento dos folículos pilosos, que eventualmente se rompem. Com maceração constante, germes e particularmente pelos quebrados penetram, levando a inflamação aguda ou crônica. O tumor macio e pastoso se espalha através de um sistema de fístula amplamente utilizado para os lados e, em casos extremos, também para o ânus.
Um ou mais dos seguintes fatores são discutidos como fatores de risco para o desenvolvimento de um seio pilonidal:
- Crescimento de pelos intenso
- Sulco glúteo profundo (sobrepeso)
- Irritação local
- Higiene insuficiente
- Histórico familiar positivo